Защита диссертации - Карпулевич Евгений Андреевич

Карпулевич Евгений Андреевич

Построение программного конвейера для выравнивания последовательностей в приложениях биоинформатики

Диссертация защищена

Искомая степень: Кандидат физико-математических наук.

Специальность: 2.3.5 – Математическое и программное обеспечение вычислительных систем, комплексов и компьютерных сетей.

Дата размещения: 04 октября 2023.
Текст диссертации: Скачать

Решение совета о принятии диссертации к защите: Диссертация принята к защите.
Автореферат: Скачать
Отзыв научного руководителя: Скачать
Дата защиты: 07 декабря 2023.

Официальный оппонент: Макеев Всеволод Юрьевич, доктор физико-математических наук (03.01.02).

Место работы, должность: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, г.н.с..

Основные публикации за последние 5 лет:

1. Meshcheryakov, G., Abramov, S., Boytsov, A., Buyan, A. I., Makeev, V. J., & Kulakovskiy, I. V. (2023). MIXALIME: MIXture models for ALlelic IMbalance Estimation in high-throughput sequencing data. arXiv preprint arXiv:2306.08287.
2. Boytsov, A., Abramov, S., Aiusheeva, A. Z., Kasianova, A. M., Baulin, E., Kuznetsov, I. A., ... & Kulakovskiy, I. V. (2022). ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs. Nucleic Acids Research, 50(W1), W51-W56.
3. Nenasheva, N. V., Ilyinsky, V. V., & Makeev, V. J. (2022). Less is more: filtering and trimming ONT sequencing data. In Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) (pp. 55-55).
4. Abramov, S., Baulin, E., Makeev, V. J., Boytsov, A., Yevshin, I., Kulakovskiy, I. V., ... & Kolpakov, F. (2020). AD ASTRA: the database of Allelic Dosage-corrected Allele-Specific TRAnscription factor binding suggests causal regulatory sequence variants of pathologies. In Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020) (pp. 14-14).
5. Odintsova, T. I., Slezina, M. P., Istomina, E. A., Korostyleva, T. V., Kasianov, A. S., Kovtun, A. S., ... & Kudryavtsev, A. M. (2019). Defensin-like peptides in wheat analyzed by whole-transcriptome sequencing: A focus on structural diversity and role in induced resistance. PeerJ, 7, e6125.

Отзыв оппонента: Скачать

Официальный оппонент: Алимова Ильсеяр Салимовна, кандидат технических наук (05.13.11).

Место работы, должность: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Казанский (Приволжский) федеральный университет», старший преподаватель кафедры программной инженерии Института информационных технологий и интеллектуальных систем.

Основные публикации за последние 5 лет:

1. Mazitov, D., Alimova, I., & Tutubalina, E. (2023). Named entity recognition in Russian using multi-task LSTM-CRF. Journal of Mathematical Sciences, 1-10.
2. Arjun Magge, Elena Tutubalina, Zulfat Miftahutdinov, Ilseyar Alimova, Anne Dirkson, Suzan Verberne, Davy Weissenbacher, Graciela Gonzalez-Hernandez, DeepADEMiner: a deep learning pharmacovigilance pipeline for extraction and normalization of adverse drug event mentions on Twitter, Journal of the American Medical Informatics Association, Volume 28, Issue 10, October 2021, Pages 2184–2192, https://doi.org/10.1093/jamia/ocab114
3. Alimova, I., Tutubalina, E., & Nikolenko, S. I. (2021). Cross-domain limitations of neural models on biomedical relation classification. IEEE Access, 10, 1432-1439.
4. Tutubalina, E., Alimova, I., Miftahutdinov, Z., Sakhovskiy, A., Malykh, V., & Nikolenko, S. (2021). The Russian Drug Reaction Corpus and neural models for drug reactions and effectiveness detection in user reviews. Bioinformatics, 37(2), 243-249.
5. Alimova, I., & Tutubalina, E. (2020). Multiple features for clinical relation extraction: A machine learning approach. Journal of biomedical informatics, 103, 103382.
6. Tutubalina, E., Alimova, I., & Solovyev, V. (2019). Biomedical entities impact on rating prediction for psychiatric drugs. In Analysis of Images, Social Networks and Texts: 8th International Conference, AIST 2019, Kazan, Russia, July 17–19, 2019, Revised Selected Papers 8 (pp. 97-104). Springer International Publishing.

Отзыв оппонента: Скачать

Ведущая организация: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского».

Контактные данные: 603022, г.Нижний Новгород, пр.Гагарина, 23, +7 (831) 462-30-03, unn@unn.ru, www.unn.ru

Основные публикации за последние 5 лет:

1. Krivonosov M.I., Kondakova E.V., Bulanov N.A., Polevaya S.A., Francheski K., Ivanchenko M.V., Vedunova M.V. A new cognitive clock matching phenotypic and epigenetic ages. // Translational Psychiatry. № 12. V. 364. 2022. P. 10.1038/s41398-022-02219-y..
2. Amblard E, Bac J, Chervov A, Soumelis V, Zinovyev A. Hubness reduction improves clustering and trajectory inference in single-cell transcriptomic data. Bioinformatics. 2022 Jan 27;38(4):1045-1051. doi: 10.1093/bioinformatics/btab795. PMID: 34871374.
3. Sayed N, Huang Y, Nguyen K, Krejciova-Rajaniemi Z, Grawe AP, Gao T, Tibshirani R, Hastie T, Alpert A, Cui L, Kuznetsova T, Rosenberg-Hasson Y, Ostan R, Monti D, Lehallier B, Shen-Orr SS, Maecker HT, Dekker CL, Wyss-Coray T, Franceschi C, Jojic V, Haddad F, Montoya JG, Wu JC, Davis MM, Furman D. An inflammatory aging clock (iAge) based on deep learning tracks multimorbidity, immunosenescence, frailty and cardiovascular aging. Nat Aging. 2021 Jul;1:598-615. doi: 10.1038/s43587-021-00082-y. Epub 2021 Jul 12. Erratum in: Nat Aging. 2021 Aug;1(8):748. PMID: 34888528; PMCID: PMC8654267.
4. Kuksin M, Morel D, Aglave M, Danlos FX, Marabelle A, Zinovyev A, Gautheret D, Verlingue L. Applications of single-cell and bulk RNA sequencing in onco-immunology. Eur J Cancer. 2021 May;149:193-210. doi: 10.1016/j.ejca.2021.03.005. Epub 2021 Apr 15. PMID: 33866228.
5. Garagnani P, Marquis J, Delledonne M, Pirazzini C, Marasco E, Kwiatkowska KM, Iannuzzi V, Bacalini MG, Valsesia A, Carayol J, Raymond F, Ferrarini A, Xumerle L, Collino S, Mari D, Arosio B, Casati M, Ferri E, Monti D, Nacmias B, Sorbi S, Luiselli D, Pettener D, Castellani G, Sala C, Passarino G, De Rango F, D'Aquila P, Bertamini L, Martinelli N, Girelli D, Olivieri O, Giuliani C, Descombes P, Franceschi C. Whole-genome sequencing analysis of semi-supercentenarians. Elife. 2021 May 4;10:e57849. doi: 10.7554/eLife.57849. PMID: 33941312; PMCID: PMC8096429.
6. Bac J, Mirkes EM, Gorban AN, Tyukin I, Zinovyev A. Scikit-Dimension: A Python Package for Intrinsic Dimension Estimation. Entropy (Basel). 2021 Oct 19;23(10):1368. doi: 10.3390/e23101368. PMID: 34682092; PMCID: PMC8534554.
7. Chen H, Albergante L, Hsu JY, Lareau CA, Lo Bosco G, Guan J, Zhou S, Gorban AN, Bauer DE, Aryee MJ, Langenau DM, Zinovyev A, Buenrostro JD, Yuan GC, Pinello L. Single-cell trajectories reconstruction, exploration and mapping of omics data with STREAM. Nat Commun. 2019 Apr 23;10(1):1903. doi: 10.1038/s41467-019-09670-4. PMID: 31015418; PMCID: PMC6478907.
8. Verma, R. K., Giuliani, C., Kalyakuina, A., Kachhvah, A. D., Ivanchenko, M., & Jalan, S. Altitude-wise analysis of co-occurrence networks of mitochondrial genome in Asian population. 2019.

Отзыв ведущей организации: Скачать

Решение диссертационного совета по результатам защиты диссертации: Принято решение о присуждении степени.

Присутствовало 15 из 22 членов диссертационного совета: Петренко А.К., Зеленов С.В., Абрамов С.А., Белеванцев А.А., Бурдонов И.Б., Дроздов А.Ю., Евтушенко Н.В., Жданов А.А., Захаров В.Н., Карпов Л.Е., Козачок А.В., Машечкин И.В., Позин Б.А., Серебряков В.А., Шнитман В.З.

Заключение диссертационного совета: Скачать